集菌儀是通過定向蠕動加壓原理，使供試品中微生物截留在濾器中的微孔濾膜0.22µm*47mm或0.45µm*47mm上，通過沖洗濾膜除去抑菌成分，然后把所需的培養基通過進樣管道直接引入全封閉過濾集菌培養器中，放置在培養箱內進行無菌培養。
1、先取出我們配套使用的一次性培養器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開包裝。
2、然后將一次性培養器逐個插放在不銹鋼排液槽上（儀器上的幾個小孔，每個孔安放一個培養皿即可）。
3、將一次性培養器的彈性軟管裝入集菌儀的蠕動泵頭，集菌儀要求定位準確，軟管走勢順暢。
4、打開待檢供試品瓶（袋）的插針孔并做環形消毒，（若檢測安瓶樣品，先將安瓶頸部做環形消毒，然后再打開）將樣品瓶（袋）定位。
5、拔去進樣針管護套，針頭和供試品瓶口過酒精燈火焰消毒，插入樣品瓶中，開啟智能集菌儀，將供試品瓶倒置，實施過濾集菌（應避免雙芯針管進氣濾膜被藥液浸濕，影響進氣；若樣品為袋裝不存在該問題）重復操作每個樣品的過濾程序。
6、完成集菌后，集菌儀若樣品具有抑菌作用或含防腐劑（按抑菌性樣品的sop進行操作，下次提供菌性樣品的sop）
7、啟開已滅菌好的培養基瓶，將針頭和培養基瓶口過酒精燈火焰消D，針頭插入培養基瓶中。
8、摘下一次性培養器頂部空氣濾器開口的膠塞，套在一次性培養器的底口上，用軟管夾子依次開閉軟管，開啟集菌儀，將培養基泵注入培養器內。（先取兩個夾子夾住彈性軟管定位處的兩根管子，先加入改良馬丁培養基；再取另外一個夾子夾住另外一根管子，并用夾子夾閉與一次性培養器連接部的軟管，留出5-6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣濾器的開口上。
9、分別按照藥典規定的培養時間進行培養。
10、觀察培養情況，若需取樣分離培養，可將軟管消毒，用無菌注射器插入軟管抽取所需量做進一步檢查。