二級生物安全柜的安全柜的一個特征就是由垂直層狀薄片的(無定向的)HEPA過濾器過濾后，再安全柜內部形成向下流動的氣流。氣流不斷地沖能可產生空氣傳播感染的安全柜內部，從而避面存放在柜體內的樣品受到感染。這樣的氣流被稱作下沉氣流。
　　二級生物安全柜的安全柜是目前應用的柜型。 與Ⅰ級生物安全柜一樣，Ⅱ級生物安全柜也有氣流流入前窗開口，被稱作“進氣流"，用來防止在微生物操作時可能生成的氣溶膠從前窗逃逸。與Ⅰ級生物安全柜不同的是，未經過濾的進氣流會在到達工作區域前被進風格柵俘獲，因此試驗品不會受到外界空氣的污染。 Ⅱ級生物安全柜的一個*之處在于經過HEPA過濾器過濾的垂直層流氣流從安全柜頂部吹下，被稱作“下沉氣流"。下沉氣流不斷吹過安全柜工作區域，以保護柜中的試驗品不被外界塵埃或細菌污染。
　　二級生物安全柜的安全柜前窗氣流速度zui小量或測量平均值按照歐盟生物安全柜歐洲標準EN12469:2000標準的規定應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA 過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排除。
　　為什么要使用生物安全柜？
　　當操作液體或半流體，例如搖動、傾注、攪拌，或將液體滴加到固體表面上或另一種液體中時，均有可能產生氣溶膠。在對瓊脂板劃線接種、用吸管接種細胞培養瓶、采用多道移液器（加樣器）將感染性試劑的混懸液轉移到微量培養板中、對感染性物質進行勻漿及渦旋振蕩、對感染性液體進行離心以及進行動物操作時，這些實驗室操作都可能產生感染性氣溶膠。由于肉眼無法看到直徑小于5μm的氣溶膠以及直徑為5-100μm的微小液滴，因此實驗室工作人員通常意識不到有這樣大小的顆粒在生成，并可能吸入或交叉污染工作臺面的其他材料。
　　綜上所述，正確使用生物安全柜可以有效減少由于氣溶膠暴露所造成的實驗室感染以及培養物交叉污染。生物安全柜同時也能保護實驗環境。